A Toxikológiai Laboratóriumi Osztály fő feladatai körében toxikológiai vizsgálatokat és kockázatbecsléseket végez a vegyi anyagok és készítmények, szennyezett környezeti közegek biológiai tulajdonságainak megismerésére, a lakosságot érintő kémiai ártalmak felismerésére, valamint ezen kockázatok értékelésére és csökkentésére. Elvégzi az országos vastagbél-szűrési program keretében beérkezett minták laboratóriumi diagnosztikai vizsgálatát. A laboratóriumi vizsgálatok egy részét NAH akkreditáció, valamint a helyes laboratóriumi gyakorlat (GLP) és helyes gyártási gyakorlat (GMP) alapelvei szerint végzi. Az Osztály az OECD hazai kapcsolattartó központja. Felkérésre, általános feladatkörével összefüggő vizsgálatokat végez az EU és az OECD, illetve ezek hiányában az US EPA metodikai szabványai szerint. A szakterületéhez tartozó tárgykörökben oktatási és továbbképzési tevékenységet végez.

A Toxikológiai Laboratóriumi Osztály feladatait négy laboratórium látja el:

• Kísérletes Biológiai Laboratórium
• Molekuláris Toxikológiai Laboratórium
• Ökotoxikológiai és Kockázatbecslési Laboratórium
• Vastagbélszűrési Laboratórium